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菌群分析服务

菌群分析/鉴定服务

16S rDNA简介

rRNA分子在生物体中普遍存在,生物细胞rRNA分子的一级结构中既具有保守的片段,又具有变化的碱基序列。在漫长的生物进化过程中,rRNA分子保持相对恒定的生物学功能和保守的碱基排列顺序,同时也存在着与进化过程相一致的突变率,在结构上可分为保守区(conserveddomain)和可变区(variabledomain), 保守的片段反应了生物物种间的亲缘关系,而高变片段则能表明物种间的差异,那些保守的或高变的特征性核苷酸序列则是不同分类级别生物(如科、属、种)鉴定的分子根底。

细菌rRNA按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23SrRNA。其中位于原核细胞核糖体小亚基上的16S rRNA长约1540bp,结构和碱基排列复杂度适中,较易于进行序列测定和分析比较。16S rDNA是编码原核细胞核糖体小亚基rRNA(16SrRNA)的基因,存在于所有细菌染色体基因中,长度约为1500pb,是细菌分类学研究中最常用、最有用的“分子钟”。其序列包含10个可变区(variable region)和与之相同的11个恒定区(constant region),可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。因此可用PCR扩增其相应的rDNA片断来快速、灵敏地检测样品中是否存在某些细菌或致病菌,或进行细菌多样性分析,尤其是那些人工无法培养的微生物。

16S rDNA常用引物序列

27F 5'   AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG 3'
357F 5'  CTC CTA CGG GAG GCA GCA G 3
530F 5'  GTG CCA GCM GCC GCG G 3'
926F 5'  AAA CTY AAA KGA ATT GAC GG 3' 
1114F 5' GCA ACG AGC GCA ACC C 3' 
342R 5'  CTG CTG CSY CCC GTA G 3'
519R 5'  GWA TTA CCG CGG CKG CTG 3' 
907R 5'  CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT 3'
1100R 5' GGG TTG CGC TCG TTG 3'
1492R 5' TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T 3'
1525R 5' AAG GAG GTG WTC CAR CC 3'

服务内容

细菌16S rDNA部分序列分析

扩增细菌16S rDNA中前500bp的片段,只需进行一个测序反应,即可得到含有部分种属特异性的16S信息,是一种为经济便捷的鉴定方法。

细菌16S rDNA全序列分析

扩增细菌16S rDNA的全长序列,约1500bp左右,需进行三个测序反应,以得到较为全面的种属特异性信息。

服务说明

提供新鲜的材料,以及可能详细的背景资料,如所需鉴定菌种可能的分类地位、已知生长性状、分离来源、所提供的DNA纯度等有助于实验顺利进行的信息。

我们接收的样品形式为:基因组DNA、新鲜菌液、带有单菌落的平板或斜面(注明培养条件,特殊培养基的请提供培养基)。

基因组DNA的浓度不低于10ng/ul;总体积不少于20ul。平板或斜面应长有至少分离三次以上的单菌落。菌液体积大于500ul。

细菌样品是否具有致病性和潜在危险,如您的样品具有一定的致病性或均有潜在的危险,请您提供细菌DNA。

由于革兰氏阳性细菌的细胞壁较厚,采用试剂盒常规方法较难破壁,建议您提供基因组DNA(为了保证扩增质量,建议您提取后做一次乙醇沉淀以去除残存的盐离子等可能抑制PCR反应的成分)。

提供结果

实验报告(PCR产物电泳图、NCBI对比结果),测序峰图,碱基序列图。

服务报价

细菌16S rDNA菌种鉴定
服务编号 服务种类 收费标准 实验周期
  细菌16SrDNA部分序列分析 300元/样品 10个工作日
  细菌16SrDNA全序列分析 500元/样品 10个工作日

客户须知

我们的一次性收费包括细菌DNA提取,细菌16S rDNA序列扩增,扩增产物纯化及16S rDNA序列测序费用。

细菌鉴定服务完成后相应的菌株为您保存1个月,一月后将统一销毁。

常温运输时间过长会导致菌体老化,细胞壁难以破碎,因此对于试管菌,建议您使用冰袋运输。

如果因实验样品不纯造成的测序套峰,本公司将收取全额实验费用。

鉴定结果一般可以鉴定到种。个别菌种由于微生物数据库相关数据缺乏,只能鉴定到属。如遇这种情况,正常收费。

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