利用rRNA的保守区域进行鉴定只是菌种鉴定的一个分子生物学指标，通过鉴定结果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪个种属比较接近。
如果鉴定至种，还需要DNA杂交、基因组GC含量、生理生化指标等来综合判断。
